ԵՊՀ ՀՀԻ Ցեղասպանագիտության բաժնի առջև դրված են հետևյալ խնդիրները:

Հայտնաբերել, թարգմանել և հրատարակության պատրաստել Հայոց ցեղասպանության վերաբերյալ հազվագյուտ օտարալեզու գրքեր և ժողովածուներ: Կազմել   Հայոց ցեղասպանության մասին գրքերի մատենագիտական ցանկեր, պատրաստել հրատարակության դրանց վերլուծությունները: Կազմել Հայոց ցեղասպանությանը նվիրված մենագրությունների, ժողովածուների և հոդվածների մատենագիտություններ: Հավաքել և ՀՀԻ արխիվում կենտրոնացնել Հայոց ցեղասպանության վերաբերյալ աշխարհասփյուռ, բայց առայժմ անհայտ մնացած տարբեր վավերագրեր (լուսանկարներ, հուշագրություններ, ֆիլմեր, փաստաթղթեր և այլն): Հավաքել և ՀՀԻ գրադարանում կենտրոնացնել Հայոց ցեղասպանության և առհասարակ ցեղասպանության թեմայի վերաբերյալ տարալեզու գրքեր, փաստաթղթեր և այլ բնույթի նյութեր: ՀՀ և արտասահմանի գիտական պարբերական մամուլում և գիտաժողովներում հանդես գալ գիտական հոդվածներով և զեկուցումներով: Համագործակցական կապեր հաստատել աշխարհում ցեղասպանագիտական կենտրոնների ու անվանի ցեղասպանագետների հետ: Ուսումնասիրել Հայոց ցեղասպանությանն առնչվող մի քանի հիմնախնդիրներ, ինչպիսիք են` <<Հայ դատ>> հասկացությունը և Հայոց ցեղասպանության միջազգային ճանաչման հարաբերակցությունը, հայկական ինքնությունը և Հայոց ցեղասպանության առնչությունը, Հայոց ցեղասպանության ընդգրկած տարածքը, ժամանակահատվածը, նրա համար պատասխանատվությունը և այլ հարակից հիմնահարցեր: